Акционерное общество Проектный институт «Агропроект» образовано в 1968 году.

В январе 1968 года образован Проектный институт "Марийсксельхозпроект".

15.01.1987 проектный институт "Марийсксельхозпроект" реорганизован в проектно-изыскательский институт "Марагропромпроект" (основание: Приказ Госагропрома МАССР от 20.01.87г. № 15).

21.10.1993 года проектно-изыскательский институт "Марагропромпроект" преобразован в акционерное общество закрытого типа "Агропроект" (основание: Постановление Главы администрации г.Йошкар-Олы от 21.10.1993 г. № 1424 п.1).

С 8 апреля 1997 года переименован в закрытое акционерное общество "Проектный институт Агропроект" на основании Закона "Об акционерных обществах" от 26.12.1995 г. № 208-ФЗ и Устава.

С 28 июня 2016 года переименован в акционерное общество "Проектный институт "Агропроект" на основании Федерального закона № 99-ФЗ от 05.05.2014 и Устава.

 За долгие годы плодотворной деятельности, более 45 лет, АО ПИ «Агропроект» приобрело огромный опыт в сфере выполнения проектно-сметной и изыскательской документации для строительства и реконструкции объектов производственного назначения, жилых, общественных зданий и инженерных коммуникаций. Высококвалифицированные специалисты проектного института выполняют все разделы проектной документации, инженерно-строительные изыскания. Для выполнения проектных и изыскательских работ институт имеет собственную производственную базу, современную электронно-вычислительную технику с программным обеспечением, буровую технику, лаборатории для определения физико-механических характеристик грунтов. Наличие высококвалифицированных специалистов по всем специальностям обеспечивает высокое качество выпускаемой проектно-сметной и изыскательской продукции.